La diversidad de objetos de distinta naturaleza, estilo y proveniencia que forman parte de la colección, adquiere un sentido de unidad en el contexto de las misiones realizadas por esta Orden en Sudamérica, parte de cuyo patrimonio artístico se exhibe aquí. Por otra parte, la muestra tiene por objeto destacar la particularidad de la creación artística americana de los siglos XVII y  XVIII, que la convierten en un aporte a la historia del arte universal. Este arte es un arte religioso, que deriva del espíritu europeo pero que adquiere características únicas en América por ser manifestación de una cultura mestiza.

La apertura del convento como museo en 1969 marca un hito significativo, permitiendo a los visitantes explorar las diversas 7 salas del Museo franciscano. Entre las obras destacadas se encuentra la pintura más antigua de Chile realizada sobre un caballete que data del año 1602, una serie pictórica notable de arte barroco hispanoamericano que muestra la vida del santo seráfico San Francisco de Asís y el premio Nobel de literatura legado por Gabriela Mistral al pueblo de Chile bajo la custodia de la Orden franciscana.